พ.ศ. 2532     ร.ต. อนุกูล  สุภาไชยกิจ  ผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา ได้มอบหมายให้รองผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา (นายภิญโญ  เฉลิมนนท์) รับผิดชอบประสานงานเกี่ยวกับการขอใช้ที่ดินราชพัสดุบริเวณหน้าโรงเรียนสตรียะลา มีเนื้อที่ประมาณ 9 ไร่ เพื่อสร้างอาคารสำนักงานการศึกษา ศาสนา และศิลปวัฒนธรรม โดยกระทรวงศึกษาธิการ ได้อนุมัติงบประมาณเพื่อก่อสร้างอาคารในบริเวณที่ดินแปลงดังกล่าว

 

พ.ศ. 2535     กระทรวงศึกษาธิการได้พิจารณาเห็นว่าส่วนราชการต่าง ๆ มีเอกสารที่ใช้แล้วเป็นจำนวนมาก ไม่สามารถทำลายเอกสารต่าง ๆ เหล่านั้นได้ เนื่องจากขาดความรู้ความเข้าใจวิธีการทำลายตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยงานสารบรรณ พ.ศ. 2526 จึงได้อนุมัติให้ขยายงานกองจดหมายเหตุ กรมศิลปากรมายังส่วนภูมิภาค โดยจัดตั้งสำนักงานหอจดหมายเหตุส่วนภูมิภาคที่เขตการศึกษาและจังหวัด ซึ่งกรมศิลปากรได้ประกาศจัดตั้งหน่วยงานหอจดหมายเหตุแห่งชาติในส่วนภูมิภาค จำนวน 12 หน่วยงาน ตั้งแต่วันที่ 2 เมษายน พ.ศ. 2535

 

                      กรมศิลปากร กระทรวงศึกษาธิการ ได้ขอพระราชานุญาตใช้ชื่อ "หอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาุ ยะลา" เนื่องในมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 5 รอบ พ.ศ. 2535 และได้รับพระราชทานพระราชานุญาต เมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม พ.ศ. 2536 และจากนั้นสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงวางศิลาฤกษ์อาคาร เมื่อวันที่ 22 กันยายน พ.ศ. 2536

 

                       เมื่อก่อสร้างอาคารเมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2537 แล้วเสร็จในเดือน มีนาคม พ.ศ. 2538 ใช้งบประมาณทั้งสิ้น 14,700,000 บาท เปิดทำการตั้งแต่วันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2538 โดยมีนายประเสริฐโชค  พุงใจ ตำแหน่ง นักจดหมายเหตุ 5 ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ตั้งแต่วันที่ 19 ตุลาคม พ.ศ. 2536 (โดยในเบื้องต้นได้อาศัยอาคารสำนักงานการศึกษา ศาสนา และศิลปวัฒนธรรมเป็นที่ทำการชั่วคราว)

 

พ.ศ. 2548     นายประเสริฐโชค  พึงใจ หัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ได้ย้ายไปปฏิบัติราชการในตำแหน่ง นักวิชาการวัฒนธรรม 6 ว สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดบุรีรัมย์ กระทรวงวัฒนธรรม และกรมศิลปากรได้แต่งตั้งนางสาวกษมาณัชญ์  นิติยารมย์ ตำแหน่ง เจ้าหน้าที่บริหารงานทั่วไป 6 ฝ่ายบริหารงานทั่วไป สำนักศิลปากรที่ 13 สงขลา รักษาการในตำแหน่งหัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา อีกหน้าที่หนึ่งตามคำสั่งกรมศิลปากรที่ 577/2558 ตั้งแต่วันที่ 2 สิงหาคม พ.ศ.2548

 

พ.ศ. 2550     กรมศิลปากรได้แต่งตั้ง นายวิโรจน์  ศรีไสย  นักวิชาการวัฒนธรรม 7 ว สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดยะลา กระทรวงวัฒนธรรม ดำรงตำแหน่ง หัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ตามคำสั่งกรมศิลปากรที่ 196/2550 ลงวันที่ 29 พฤษภาคม พ.ศ. 2550 ตั้งแต่วันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2550

 

พ.ศ. 2555     นายวิโรจน์  ศรีไสย ตำแหน่ง นักจดหมายเหตุชำนาญการ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ขอโอนไปดำรงตำแหน่งนักวิชาการวัฒนธรรมชำนาญการ กลุ่มยุทธศาสตร์และเฝ้าระวังทางวัฒนธรรม สำนักงานวัฒนธรรมจังหวัดนราธิวาส สำนักงานปลัดกระทรวงวัฒนธรรม และกรมศิลปากรให้โอนตัดตำแหน่งได้ ตั้งแต่วันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2555

 

                      กรมศิลปากรได้แต่งตั้งนางสาวกษมาณัชญ์  นิติยารมย์ ตำแหน่ง นักจัดการงานทั่วไปชำนาญการ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าฝ่ายบริหารทั่วไป สำนักศิลปากรที่ 13 สงขลา รักษาการในตำแหน่งหัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา อีกหน้าที่หนึ่ง ตามคำสั่งกรมศิลปากรที่ 1016/2555 ลงวันที่ 28 กันยายน พ.ศ. 2555 ตั้งแต่วันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2555

 

                       และต่อมากรมศิลปากรได้มีคำสั่งที่ 87/2556 ลงวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2557 ย้ายข้าราชการ นางสาวกษมาณัชญ์  นิติยารมย์ ตำแหน่งนักจัดการงานทั่วไปชำนาญการ ตำแหน่งเลขที่ 525 ฝ่ายบริหารงานทั่วไป สำนักศิลปากรที่ 13 สงขลา ให้ดำรงตำแหน่ง นักจดหมายเหตุชำนาญการ ตำแหน่งเลขที่ 1258 หอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าหอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติฯ ยะลา ตั้งแต่วันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2557 เป็นต้นไป

 

หอจดหมายเหตุแห่งชาติเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ ยะลา เป็นที่เก็บรักษา อนุรักษ์ และให้บริการ การศึกษา การค้นคว้าหรือวิจัยเอกสารจดหมายเหตุ ในเขตพื้นที่ความรับผิดชอบ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้แก่ จังหวัดยะลา ปัตตานี นราธิวาส และสตูล และมีอำนาจหน้าที่ตามพระราชบัญญัติจดหมายเหตุ พ.ศ. 2556 ซึ่งได้บังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 14 มีนาคม พ.ศ. 2556 เป็นต้นไป ดังนี้

 

     1. เก็บรักษาและอนุรักษ์เอกสารจดหมายเหตุ

 

     2. ติดตาม รวบรวม หรือรับมอบเอกสารจดหมายเหตุจากหน่วยงานของรัฐ

 

     3. จัดหา ซื้อ หรือรับบริจาคเอกสารที่มีคุณค่าเป็นเอกสารจดหมายเหตุจากเอกชน

 

     4. จัดหมวดหมู่และจัดทำเครื่องมือช่วยค้นเอกสารจดหมายเหตุ

 

     5. จดบันทึกเหตุการณ์เกี่ยวกับพระราชพิธี รัฐพิธี และศาสนพิธี

 

      6. รวบรวมเอกสารเหตุการณ์สำคัญของชาติ

 

     7. จัดทำบันทึกประวัติศาสตร์บอกเล่าโดยพิจารณาให้ครอบคลุมข้อเท็จจริงอย่างรอบด้าน

 

     8. ให้บริการการศึกษา การค้นคว้า หรือการวิจัยเอกสารจดหมายเหตุ

 

     9. เผยแพร่ประชาสัมพันธ์ จัดให้มีสื่อสิ่งพิมพ์ สื่ออิเล็กทรอนิกส์ นิทรรศการ และกิจกรรมเพื่อส่งเสริมและอนุรักษ์เอกสารจดหมายเหตุ

 

     10. สนับสนุนด้านวิชาการแก่หอจดหมายเหตุของหน่วยงานของรัฐ หอจดหมายเหตุท้องถิ่น และหอจดหมายเหตุเอกชน

 

     11. ดำเนินการอื่นตามที่อธิบดีมอบหมาย