พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี เป็นพิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์ โบราณคดี ประจำภูมิภาคตะวันออก รวบรวมและจัดแสดงโบราณวัตถุ ศิลปวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีต่าง ๆ ในภาคตะวันออก ในเขตจังหวัดปราจีนบุรี สระแก้ว ชลบุรี ฉะเชิงเทรา จันทบุรี ตราดและระยอง รวมไปถึงจังหวัดนครนายก นำเสนอเรื่องราวในภูมิภาคตะวันออก เริ่มตั้งแต่การตั้งถิ่นฐานของมนุษย์ในช่วงก่อนประวัติศาสตร์เรื่อยมาจนถึงพุทธศตวรรษที่ 20 
           นิทรรศการถาวร ภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรีประกอบด้วยส่วนจัดแสดง 5 ส่วน ดังนี้
           1. ห้องประวัติศาสตร์ โบราณคดีภาคตะวันออก 
           เรียนรู้ประวัติศาสตร์และโบราณคดีในภาคตะวันออก ด้วยสภาพภูมิประเทศที่อุดมสมบูรณ์ ทำให้เหมาะแก่การตั้งถิ่นฐานของชุมชน ดังปรากฏหลักฐานทางโบราณคดีตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์จนถึงสมัยประวัติศาสตร์ พร้อมชมวีติทัศน์ "ร่องรอยวัฒนธรรมลุ่มน้ำบางปะกงและภูมิภาคตะวันออก"
           2. ห้องชุมชนโบราณในภาคตะวันออก 
           จัดแสดงเนื้อหาเกี่ยวกับชุมชนโบราณยุคก่อนประวัติศาสตร์ในภูมิภาคตะวันออกที่สำคัญ ได้แก่ ชุมชนโคกพนมดี อายุราว 3,500-4,000 ปีมาแล้ว และชุมชนหนองโน อายุราว 2,700-4,500 ปีมาแล้ว ผ่านหลุมฝังศพจำลองเจ้าแมโคกพนมดีและโบราณวัตถุที่พบจากแหล่งโบราณคดีโคกพนมดีและหนองโน จังหวัดชลบุรี
           3. ห้องพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก 
           จัดแสดงเรื่องราวเกี่ยวกับพัฒนาการของชุมชนและเมืองโบราณในภาคตะวันออก เริ่มต้นจากความสัมพันธ์กับดินแดนโพ้นทะเล เข้าสู่ช่วงรับวัฒนธรรมทวารวดีและวัฒนธรรมเขมรโบราณในภาคตะวันออก โบราณวัตถุชิ้นสำคัญที่พบในภาคตะวันออกได้แก่ ทับหลังจากปราสาทเขาน้อย ทับหลังจากปราสาทสด๊กก๊อกธม รวมถึงจารึกที่พบจากปราสาททั้ง 2 แห่ง 
           4. ห้องวัฒนธรรมลุ่มแม่น้ำบางปะกง 
           จัดแสดงเรื่องราวของชุมชนในบริเวณลุ่มแม่น้ำบางปะกง ตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์ จนเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดี ผ่านผนังสื่อมัลติมีเดียโปรเจคเตอร์ทัชที่ทุกท่านสามารถสัมผัสเนื้อหาเพื่อรับชม
           5. ห้องเมืองศรีมโหสถ นครรัฐแรกเริ่มแห่งลุ่มน้ำบางปะกง
           จัดแสดงเรื่องราวของเมืองโบราณศรีมโหสถ ที่ถือกำเนิดขึ้นร่วมสมัยกับอาณาจักรฟูนันตอนปลายและพัฒนาเข้าสู่วัฒนธรรมทวารวดีในพุทธศตวรรษที่ 12 - 16 ก่อนที่วัฒนธรรมเขมรโบราณจะเข้ามาในราวพุทธศตวรรษที่ 17 - 18 พบโบราณวัตถุชิ้นสำคัญ ได้แก่พระคเณศ พระวิษณุจตุรภุชพระพุทธรูปปางสมาธิ รวมถึงเครื่องสำริดประกอบพิธีกรรมที่มีจารึกภาษาเขมรโบราณกล่าวถึงพระเจ้าชัยวรมันที่ 7