กองโบราณคดีใต้น้ำ มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

(๑) ดำเนินการเกี่ยวกับการศึกษา ค้นคว้า วิเคราะห์ และวิจัยหลักฐานทางโบราณคดีใต้น้ำ โดยการสำรวจ รวบรวมข้อมูล ขุดค้น วิเคราะห์ แปลความหมายจากหลักฐาน จากแหล่งโบราณคดี ที่จมอยู่ในแหล่งน้ำต่าง ๆ ทั้งในทะเลและแหล่งน้ำในแผ่นดิน เพื่อพัฒนาองค์ความรู้ด้านประวัติศาสตร์ และโบราณคดีที่เป็นมรดกทางวัฒนธรรมของชาติ และความเป็นมาของมนุษยชาติ

(๒) สำรวจ ขุดค้น ขึ้นทะเบียน ควบคุม ดูแลรักษา และอนุรักษ์แหล่งโบราณคดีใต้น้ำรวมทั้งปฏิบัติให้เป็นไปตามกฎหมายว่าด้วยโบราณสถาน โบราณวัตถุ ศิลปวัตถุ และพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ และกฎหมายว่าด้วยการกำหนดแผนและขั้นตอนการกระจายอำนาจให้แก่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

(๓) กำหนดหลักเกณฑ์ และพัฒนามาตรฐานงานโบราณคดีใต้น้ำ และควบคุม ดูแล รักษา อนุรักษ์แหล่งโบราณคดีใต้น้ำของชาติให้เป็นไปตามมาตรฐาน

(๔) ให้คำปรึกษา แนะนำ แลกเปลี่ยนองค์ความรู้ และให้บริการข้อมูลเกี่ยวกับโบราณคดีใต้น้ำ แก่หน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

(๕) ส่งเสริม และสนับสนุนการดำเนินงานของเครือข่ายทางโบราณคดีใต้น้ำ ทั้งในประเทศและต่างประเทศ

(๖) ประสานงาน ปฏิบัติงานร่วมกับ หรือสนับสนุนการปฏิบัติงานกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง ทั้งในประเทศและต่างประเทศ

(๗) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย