ตั้งอยู่นอกกำแพงแก้วด้านทิศตะวันตกเฉียงใต้ของโบราณสถานหมายเลข ๑ ห่างออกไป ๑๕๐ เมตร อาคารหลังนี้ตั้งอยู่บนพื้นที่ราบโล่ง ลักษณะเป็นแนวของฐานโบราณสถานขนาดเล็ก ภายในเป็นห้องก่อด้วยอิฐและศิลาแลง ฐานชั้นล่างเป็นฐานเขียงรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสก่อด้วยศิลาแลง ถัดขึ้นมาเป็นฐานปัทม์ ๑ ชั้น ชั้นบนก่อด้วยอิฐซึ่งลักษณะการก่อสร้างเช่นนี้อาจจะเป็นการก่อสร้างทับซ้อนกันก็ได้ ที่มุมด้านนอกอาคารทุกมุมมีแผ่นหินปักไว้คล้ายกับเป็นใบเสมา และจากการขุดแต่งโบราณสถานหมายเลข ๓ นี้ ได้พบพระพิมพ์โลหะที่เป็นพระพิมพ์เนื้อชินตะกั่วจำนวนมาก อาคารหลังนี้มีผู้เสนอแนวความคิดว่าน่าจะสร้างมาก่อนการสร้างปราสาท