พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี เริ่มก่อตั้งในปีพุทธศักราช ๒๕๑๕ เพื่อให้เป็นที่รวบรวมและจัดแสดงศิลปะโบราณวัตถุต่าง ๆ ที่ค้นพบในภูมิภาคตะวันออก ได้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ ๒๒ เมษายน พุทธศักราช ๒๕๒๘ โดยสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ขณะทรงดำรงพระอิสริยยศเป็นสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี

ในคราวนั้น พระองค์ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ทรงปลูกต้นกัลปพฤกษ์ไว้บริเวณด้านหน้าของอาคารจัดแสดงนิทรรศการเพื่อเป็นที่ระลึก

ทั้งนี้ คณะข้าราชการ และเจ้าหน้าที่ของพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ปราจีนบุรี ต่างน้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณในสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารีตราบจนทุกวันนี้