บริเวณนอกกำแพงเมืองด้านทิศใต้ติดกับแม่น้ำแควน้อย ขุดพบโครงกระดูกมนุษย์สมัยก่อนประวัติศาสตร์ จำนวน ๔ โครง แต่เห็นอยู่ในหลุมขุดค้นเพียง ๒ โครง เนื่องจากอีก ๒ โครงไม่สามารถกำหนดอายุและเพศได้ ทั้งถูกรบกวนจากสัตว์ในดิน จึงได้นำขึ้นจากหลุมและนำไปเก็บรักษาไว้ที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติบ้านเก่า อำเภอเมือง จังหวัดกาญจนบุรี

โครงกระดูกที่หันศีรษะไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือ เป็นเพศหญิง อายุประมาณ ๓๐-๓๕ ปี และโครงที่หันศีรษะไปทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ เป็นเพศหญิง อายุประมาณ ๒๐-๓๐ ปี ทั้งสองโครงถูกฝังรวมกับภาชนะสำริด ลูกปัดหินอาเกตและคาร์นีเลียน และลูกปัดแก้ว

แหล่งโบราณคดีที่เป็นหลุมฝังศพในลักษณะนี้ พบหลายแห่งตามริมฝั่งแม่น้ำแควน้อย ในเขตอำเภอไทรโยค จนถึงอำเภอเมือง จังหวัดกาญจนบุรี แสดงถึงกลุ่มคนในวัฒนธรรมดั้งเดิมที่อาศัยอยู่ตามริมฝั่งน้ำมาก่อนที่จะมีการสร้างปราสาทเมืองสิงห์ในพุทธศตวรรษที่ ๑๘ จากหลักฐานต่างๆ ที่พบแสดงให้เห็นว่ากลุ่มคนเหล่านี้เคยอยู่มาเมื่อประมาณ ๑,๘๐๐ ปีมาแล้ว และเคยมีการติดต่อสัมพันธ์กับชุมชนอื่น เช่นที่แหล่งบ้านดอนตราเพชร อำเภอพนมทวน เพราะหลักฐานต่างๆ ที่พบคล้ายคลึงกันและมีอายุในช่วงปลายของยุคโลหะเช่นเดียวกัน