เรือนไทย   ปัจจุบันอาคารเรือนไทยจัดแสดงนิทรรศการชั่วคราว อันเป็นนิทรรศการเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ เรื่อง “สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ กับงานด้านประวัติศาสตร์และโบราณคดีที่พระนครศรีอยุธยา” เนื้อหาแบ่งเป็น 2 หัวข้อ
                   หัวข้อที่ 1   เกี่ยวกับพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถที่ทรงมีต่อโบราณสถานและแหล่งโบราณคดี โดยเฉพาะในพื้นที่ของจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ทั้งนี้ได้คัดเลือกวัดไชยวัฒนาราม วัดส้ม และวัดภูเขาทองมานำเสนอ เนื่องจากเป็นวัดที่สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ เคยเสด็จทอดพระเนตร 
                   หัวข้อที่ 2   เป็นการนำเสนอข้อมูลของวัดที่มีความน่าสนใจในแง่ประวัติศาสตร์และศิลปกรรมทั้งหมด 7 วัด ซึ่งล้วนเป็นวัดที่ไม่ค่อยมีผู้คนไปเยือน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเชิญชวนให้นักท่องเที่ยวไปเยี่ยมชมและสัมผัสกับแหล่งโบราณสถานที่อยู่นอกเหนือความนิยมบ้าง @ นิทรรศการชั่วคราวนี้จัดแสดงถึงเดือนเมษายน 2560
              ศาลาไทย : นิทรรศการที่จัดหมุนเวียนใหม่   จัดแสดงนนิทรรศการเรื่อง  “เครื่องทองอยุธยา มรดกของโลก มรดกของแผ่นดิน”  เป็นนิทรรศการพิเศษที่จัดขึ้นในปี 2559  เพื่อเทิดพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เนื่องในโอกาสทรงครองสิริราชสมบัติครบ 70 ปี ในปี 2559 โดยนิทรรศการเรื่องดังกล่าวเป็นการนำโบราณวัตถุส่วนหนึ่งของกรุพระปรางค์วัดราชบูรณะ และโบราณวัตถุประเภทเครื่องทองอีกหลายรายการที่พบจากวัดอื่นๆ ในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ซึ่งถูกแบ่งไปเก็บรักษาในคลังและจัดแสดงที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพระนครกลับมาจัดแสดงที่พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติเจ้าสามพระยา เพื่อให้ประชาชนทั่วไปที่ไม่มีโอกาสหรือไม่เคย เห็นโบราณวัตถุเหล่านั้นได้ชื่นชมและศึกษา เนื้อหาภายในนิทรรศการ แบ่งออกเป็น 4 หัวข้อ
                   หัวข้อที่ 1   อธิบายถึงคติในการสร้างกรุ
                   หัวข้อที่ 2   กล่าวถึงวัดที่มีการพบโบราณวัตถุประเภทเครื่องทองภายในกรุ ได้แก่ วัดราชบูรณะ วัดมหาธาตุ วัดสุวรรณเจดีย์ และวัดพุทไธสวรรย์
                   หัวข้อที่ 3   แสดงภาพข่าวเมื่อปี 2499 และปี 2500 ที่มีการค้นพบเครื่องทองภายในกรุวัดมหาธาตุและวัดราชบูรณะ
                   หัวข้อที่ 4   อธิบายความหมายและลักษณะทั่วไปของทองคำ และแหล่งที่มาของทองคำในสมัยอยุธยา นอกจากนี้ยังได้จำลองลักษณะของกรุวัดราชบูรณะมาไว้ภายในห้องจัดแสดงเพื่อให้ผู้ชมสามารถเข้าใจได้ง่าย โดยนิทรรศการจะจัดแสดงถึงเดือนธันวาคม 2560