วิหารพระแอดมีขนาดกว้าง 4.00 เมตร ยาว 10.00 เมตร และสูง 7.00 เมตร ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือของพระบรมธาตุเจดีย์ วิหารนี้ตั้งชื่อตามพระสาวกของพระพุทธเจ้าที่มีรูปเคารพประดิษฐานอยู่ภายใน ชื่อว่า พระกัจจายนะ แต่ในประเทศไทยเป็นที่รู้จักอย่างแพร่หลายในนามพระสังกัจจายน์ หรือในนครศรีธรรมราชในนาม พระแอด

          ในช่วงแรก เมื่อ พ.ศ. 2340 พระแอดประดิษฐานในอาคารหลังคามุงจากชั่วคราวทางใต้ของวิหารธรรมศาลา ต่อมาใน พ.ศ. 2462 สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ เจ้าฟ้ายุคลทิฆัมพร กรมหลวงลพบุรีราเมศวร์ อุปราชมณฑลภาคปักษ์ใต้ ทรงให้ย้ายพระแอดไปประดิษฐานในระเบียงคด ร่วมกับพระพุทธรูปอื่น ๆ และใน พ.ศ. 2497 เจ้าอาวาสวัดพระมหาธาตุได้สั่งให้สร้างวิหารแห่งนี้ขึ้น โดยสร้างเสร็จใน พ.ศ. 2498 หลังจากนั้น พระแอดได้ย้ายไปประดิษฐานในวิหารใหม่ และวิหารนี้จึงได้ชื่อว่า วิหารพระแอด

          วิหารพระแอดเป็นตัวอย่างของการผสมผสานระหว่างความเชื่อทางพุทธศาสนาเถรวาท และมหายาน วิหารนี้บูชาพระกัจจายนะ พระสาวกของพระพุทธเจ้าผู้มีชื่อเสียงในด้านปัญญาอันล้ำเลิศ และบางครั้งก็เชื่อว่าเป็นพระไมเตรยโพธิสัตว์ที่จะเป็นพระพุทธเจ้าในอนาคตตามความเชื่อในศาสนา   พุทธมหายาน รูปปั้นของพระแอดมักมีลักษณะท้องใหญ่ และผู้คนยังเชื่อว่าท่านสามารถประทานความมั่งคั่งและโชคลาภได้ ด้วยเหตุนี้ วิหารพระแอดจึงเป็นที่เคารพนับถือของกลุ่มคนหลากหลาย ทั้งพระภิกษุ เชื้อพระวงศ์ ข้าราชการ ชาวบ้าน และผู้ศรัทธาในศาสนาพุทธนิกายมหายานโดยเฉพาะชาวจีน