เป็นขั้นตอนและกระบวนงานที่สำคัญมากอีกขั้นตอนหนึ่งก่อนที่เอกสารจดหมายเหตุจะออกให้บริการ

- นักจดหมายเหตุจะต้องคัดแยกเอกสารออกตามโครงสร้างของการแบ่งส่วนราชการ (Sub-Group) ออกเป็น กรม กอง ฝ่าย แผนก ฯลฯ โดยยึดตามโครงสร้างของส่วนราชการนั้นๆ

- ดำเนินการอ่านเอกสารแต่ละปึกให้ละเอียด สรุปเนื้อหาเอกสารเรื่องนั้นๆ และตั้งชื่อเรื่องให้ครอบคลุมเนื้อหาของเอกสาร และชื่อเรื่องนั้นต้องสื่อความหมายให้ผู้ค้นคว้าเข้าใจเนื้อหาของเอกสารชุดนั้นมากที่สุด

- ในการดำเนินการขั้นต้นผู้จัดเอกสารจะต้องพิจารณาวิเคราะห์เพื่อหาชื่อหัวเรื่องเอกสารที่เหมาะสม (Series) ที่จะต้องครอบคลุมเอกสารเรื่องนั้นๆ และการกำหนดหัวเรื่องนั้นต้องชัดเจน และสื่อความหมายของเนื้อหาในภาพรวมของเอกสารทั้งชุด

- กำหนดรหัสเอกสารแต่ละหัวเรื่อง

- จัดเก็บเอกสารแต่ละหัวเรื่อง ติดป้ายแบบฟอร์มประจำแฟ้มเอกสารที่จัดหมวดหมู่ทุกแฟ้ม โดยในแบบฟอร์มจะระบุรหัสเอกสาร ชื่อชุด หัวเรื่องต่างๆ เรียงตามลำดับ จำนวนของเอกสารแต่ละชุด จัดเก็บและลงบัญชีเอกสาร

ขั้นตอนการจัดหมวดหมู่เอกสาร เป็นขั้นตอนที่สำคัญ และละเอียดอ่อน รวมไปถึงมีข้อพึงระวังของผู้ปฏิบัติงานอย่างมาก เพราะเป็นขั้นตอนก่อนที่เอกสารจดหมายเหตุจะออกให้บริการ นอกจากขั้นตอนที่กล่าวถึงข้างต้นนั้น ในกระบวนงานจัดหมวดหมู่เอกสารยังมีรายละเอียดปลีกย่อยอีกมากมาย อาทิ การกำหนดเลขรหัสเอกสาร การตรวจสอบเอกสารก่อนที่จะลงบัญชี สำรวจความเรียบร้อย จำนวนแผ่น ตรวจสอบระยะเวลาเอกสาร ตรวจสอบสิ่งที่แนบมากับเอกสาร การเย็บปึกเอกสาร การเขียนปกเอกสาร เรียงลำดับปึกเอกสาร บรรจุลงแฟ้มฉาก บรรจุลงกล่อง จัดทำป้ายประจำกล่อง การลงและจัดทำเล่มบัญชี

อ้างอิง: การจัดหมวดหมู่และทำเครื่องมือช่วยค้นเอกสารจดหมายเหตุ, คู่มือวิชาการพื้นฐานการบริหารและจัดการงานจดหมายเหตุ สำนักหอจดหมายเหตุแห่งชาติ กรมศิลปากร, 2559