ประวัติการจัดตั้ง สืบเนื่องมาจากนโยบายของกรมศิลปากรในการจัดสร้างพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ทางด้านชาติพันธุ์วิทยา เพื่อขยายสาขาของพิพิธภัณฑสถานแห่งชาตินอกเหนือไปจากด้านโบราณคดี ประวัติศาสตร์ และศิลปะ ให้เป็นแหล่งเรียนรู้แห่งใหม่ ที่สามารถรองรับการขยายตัวของกรุงเทพมหานครออกไปยังพื้นที่แถบชานเมือง จึงเป็นที่มาของการขอใช้ที่ดินจากราชพัสดุในพื้นที่ตำบลคลองห้า อำเภอคลองหลวง จังหวัดปทุมธานีเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๑๗ พุทธศักราช ๒๕๓๓ กรมศิลปากรรับสนองพระราชดำริในสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในการจัดหาพื้นที่สำหรับเป็นสถานที่จัดเก็บโบราณวัตถุศิลปวัตถุจากคลังพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ที่มีอยู่เป็นจำนวนมาก โดยก่อสร้างอาคารจำนวน ๒ หลังในพื้นที่โครงการจัดตั้งพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติแห่งใหม่ที่ตำบลคลองห้า สำหรับเป็นที่รองรับโบราณวัตถุศิลปวัตถุจากคลังพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ตลอดจนจากพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติอื่นๆ ที่มีพื้นที่ในการจัดเก็บไม่เพียงพอ คือ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ จันทรเกษม และ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เจ้าสามพระยา ในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา พุทธศักราช ๒๕๓๙ ตรงกับปีที่พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ทรงครองราชย์เป็นปีที่ ๕๐ ปี กรมศิลปากรจึงขออัญเชิญนามพระราชพิธีเฉลิมฉลองวโรกาสมหามงคลดังกล่าว มาเป็นชื่อของพื้นที่โครงการพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ชาติพันธุ์วิทยา โดยรวมอาคารคลังทั้งสองหลังด้วย เรียกชื่อว่า พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ กาญจนาภิเษก ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๑๕ ตอนที่ ๑๐๔ง. ลงวันที่ ๒๙ ธันวาคม ๒๕๔๑ การเคลื่อนย้ายโบราณวัตถุศิลปวัตถุจากคลังพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร และ พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติอีกสองแห่งในจังหวัดพระนครศรีอยุธยา มาจัดเก็บไว้ภายในอาคารทั้งสองหลังนั้น เริ่มดำเนินการตั้งแต่พุทธศักราช ๒๕๔๒แล้วเสร็จในพุทธศักราช ๒๕๔๘ ในลักษณะของคลังเปิด หรือ คลังเพื่อการศึกษา (visible storage) ซึ่งในขณะเดียวกันนั้นได้มีการจัดทำแผนแม่บทพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ชาติพันธุ์วิทยาควบคู่กันไป พุทธศักราช ๒๕๕๘ เป็นต้นมา กรมศิลปากรมีนโยบายในการจัดสร้างอาคารคลังแห่งใหม่ในบริเวณเดียวกัน เพื่อการจัดเก็บโบราณวัตถุศิลปวัตถุที่มีจำนวนเพิ่มมากขึ้นทุก ๆ ปี ให้เป็นคลังพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ ประจำภูมิภาคภาคกลาง รองรับวัตถุพิพิธภัณฑ์จากพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ตั้งอยู่ในส่วนกลางและภาคกลาง ส่วนอาคาร ๒ หลังที่เป็นอาคารคลังมาแต่เดิมนั้น จะปรับปรุงให้เป็นอาคารจัดแสดงพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ กาญจนาภิเษกเป็นลำดับต่อไป โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อการนำเสนอเรื่องราวของกลุ่มชนทุกเผ่าพันธุ์ เจ้าของวัฒนธรรมที่หลากหลายที่ปรากฏอยู่ในแผ่นดินไทยเป็นทั้งแหล่งเรียนรู้และศูนย์ข้อมูลเพื่อการท่องเที่ยวเชิงวัฒนธรรม