กรมศิลปากรได้เข้าเจรจาและจัดให้มีการประชุมร่วมกันหลายฝ่าย และที่ประชุมฯ ได้มีมติให้วัดกัลยาณมิตรฯ จัดทำแผนแม่บทการอนุรักษ์โบราณสถานภายในวัดฯ

 

กรมศิลปากรได้มีหนังสือนมัสการแจ้งเจ้าอาวาสให้ระงับการดำเนินการเป็นจำนวนหลายฉบับ พร้อมทั้งได้เข้านมัสการสมเด็จพระมหาธีราจารย์ วัดชนะสงคราม เมื่อ ปี พ.ศ.๒๕๕๑ เพื่อขอให้วัดระงับการกระทำอันละเมิดกฎหมาย แต่มิได้รับความร่วมมือจากทางวัดแต่อย่างใดจนนำไปสู่การแจ้งความดำเนินคดีต่อเจ้าอาวาสวัดกัลยาณมิตรฯ ในครั้งแรกเมื่อปี ๒๕๕๑

 

การดำเนินคดีทางอาญาต่อวัดกัลยาณมิตรฯ ได้ดำเนินการเรื่อยมาจนถึงปัจจุบัน เป็นจำนวนคดีรวม ๑๖ คดี ๔๕ รายการ แบ่งออกเป็น

 

- การรื้อถอนโบราณสถาน ๒๒ รายการ - การบูรณะโบราณสถาน ๕ รายการ - การก่อสร้างอาคารในเขตโบราณสถานโดยไม่ได้รับอนุญาตเป็นหนังสือจากอธิบดีกรมศิลปากร ๑๘ รายการ

นอกจากนี้ยังมีคดีทางปกครองอีก ๓ คดี และคดีถึงที่สุดแล้วทุกคดี อันเป็นที่มาที่กรมศิลปากรเข้าดำเนินการรื้อถอนศาลารายจำนวน ๒ หลังที่สร้างขึ้นบนโบราณสถานที่วัดฯ ได้รื้อถอนทำลายไป ในวันที่ ๒๔ กรกฎาคม ๒๕๕๘ รายละเอียดดังนี้

 

คดีปกครองกรณีวัดกัลยาณมิตรฯ

คดีปกครองในกรณีวัดกัลยาณมิตร มีจำนวน ๓ คดี ได้แก่ คดีปกครองหมายดำที่ ๙๐/๒๕๕๒, คดีปกครองหมายดำที่ ๔๕๗/๒๕๕๒ และคดีปกครองหมายดำที่ ๔๖๑/๒๕๕๕