การวางรากฐานการศึกษาโบราณคดีสมัยใหม่  

        พระยาโบราณราชธานินทร์เป็นผู้บุกเบิกวิทยาการทั้งองค์ความรู้ เทคนิค วิธีการสมัยใหม่ด้านโบราณคดี ได้แก่ 

       ๑.๑ การสำรวจและขุดค้นพระราชวังโบราณและวัดร้างในอยุธยาโดยการใช้หลักฐานทางประวัติศาสตร์และโบราณคดีมาพิจารณาศึกษา วิเคราะห์ สังเคราะห์เพื่อเข้าใจเรื่องราวและภูมิสถานของอยุธยา ซึ่งนับเป็นการสำรวจและขุดค้นทางโบราณคดีอย่างเป็นระบบครั้งแรกในพื้นที่เมืองอยุธยา อีกทั้งยังมีการสันนิษฐานรูปแบบสถาปัตยกรรมในอดีตและปรับปรุงภูมิทัศน์ ซึ่งใช้เป็นแนวทางการอนุรักษ์โบราณสถานในอยุธยาในเวลาต่อมา 

๑.๒ การจัดทำแผนที่สมัยใหม่ในงานโบราณคดี พระยาโบราณราชธานินทร์ได้ทำการสำรวจ และจัดทำแผนที่ เพื่อกำหนดตำแหน่งภูมิสถานกรุงศรีอยุธยา นับเป็นแผนที่ฉบับแรกอันเป็นผลมาจากการศึกษาประวัติศาสตร์และโบราณคดีอย่างเป็นระบบ ซึ่งเป็นฐานข้อมูลสำคัญด้านอยุธยาศึกษา อีกทั้งยังเป็นข้อมูลสำคัญที่กรมศิลปากรใช้ในการกำหนดขอบเขตโบราณสถาน จนนำไปสู่การขึ้นทะเบียนโบราณสถานเกาะเมืองพระนครศรีอยุธยา และจัดตั้งนครประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา

       ๑.๓ การสงวนรักษาพื้นที่เมืองอยุธยาให้เป็นสาธารณสมบัติของแผ่นดินตามพระบรมราชโองการของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยการบริหารจัดการพื้นที่และกำหนดเขตเพื่อป้องกันการบุกรุกทำลาย ส่งผลให้หลักฐานทางโบราณคดีและโบราณสถานยังคงปรากฎร่องรอยหลักฐานอยู่จนถึงในปัจจุบัน เป็นแหล่งเรียนรู้ของสาธารณชน และเข้าหลักเกณฑ์พื้นที่ที่ยังคงหลงเหลือร่องรอยเป็นของแท้ดั้งเดิมมีเอกลักษณ์โดดเด่นและทรงคุณค่าของอารยธรรมเมืองมรดกโลกขององค์การยูเนสโก